Можно я отвечу? Я уважаю чужую точку зрения, и "овчинка выделки не стоит", просто выскажу свое мнение…

Если мы говорим "проспект Науки", то ставим одни окончания.
Если мы говорим о проспекте Науки, называя его упрощенно "Наука", то ставим другие окончания.
Сравните:
- Я пошел в магазин "Пятерочка".
- Я пошел в "Пятерочку".

- Я вышел на проспект Науки.
- Я вышел на "Науку".
Вы же не скажете: "Я вышел на Науки"? Так и с фразой кондуктора. Она говорила: "Мы едем по "Науке".

Возможно, мне следовало поставить слово "Наука" в кавычки.
- Едем по "Науке"!
Но, на мой взгляд, это было утяжелило текст.

А если бы я написал "Едем по Науки", то эта фраза бы совсем не читалась, а смысл шутки пропал.

Кстати, из уст кондукторши явстенно слышалась буква "е" на конце. Что, на мой взгляд, и правильно.